当園は、昭和15年に銃後保育園として発足し、昭和23年に児童福祉法による保育園（財団法人百萬遍厚生会　百萬遍保育園）として改めて発足しました。
そして平成23年11月に社会福祉法人へと移行し、社会福祉法人百萬遍ともいき会　百萬遍保育園となりました。